审计中发现的主要问题是，中央政府投资管理中，未下达投资计划结转下年国债投资；有的补助地方投资项目还存在计划安排过细，不利于更好地发挥中央政府投资效益的问题；有的部分专项投资存在内容交叉，资金多头审批安排的现象。

个别项目预算执行和部分专项经费管理不够规范；预算未细化到具体单位和项目；预算项目执行不及时；有些项目未按进度申报预算，财政资金闲置；未将国有资产收益纳入预算管理。

　　另外，一些单位存在历年结余资金未及时安排使用，虚列外事经费，自行处置资产，形成账外资金，挤占、挪用、截留财政专项资金，挪用科研专用基金，转移财政项目资金，未按规定权限批复基建项目等问题。

相关资料（来自北大法宝）
中华人民共和国审计法(2006修正)
中华人民共和国审计法实施条例
国务院办公厅转发审计署关于在机构改革中加强市、县级人民政府审计机关建设几点意见的通知